Servicios y aplicaciones:

• Análisis diferencial de la expresión génica de especies modelo (humanos, ratón, rata). Tipos de arrays:
  • Clariom S: Análisis del transcriptoma completo a nivel génico. Cobertura amplia de >20.000 genes bien anotados.
  • Clariom D: Análisis del transcriptoma completo, que permite detectar más de 540.000 transcritos, incluyendo genes, exones y formas de "splicing" alternativas que originan isoformas de ARN codificantes y no codificantes. Permite también detectar transcritos de baja expresión.
  • Versiones anteriores de matrices de arrays de expresión (consultar disponibilidad).

El protocolo se puede iniciar con ARN extraído de diferentes tipos de muestras: sangre total, cultivos celulares, tejidos frescos, congelados o fijados en formol e incluidos en parafina (FFPE). En el caso de muestras de buena calidad (RIN ≥7) se comienza con 100 ng de ARN total. Para muestras degradadas o de baja concentración, se puede comenzar a partir de 100 pg de ARN total para muestras frescas o congeladas, y a partir de 500 pg de ARN de muestras FFPE.

• Cribrado de miARN: Análisis de pre-miRNAs, miRNAs maduros (humano, rata y ratón), así como de snoRNA y scaRNA humanos. Estos estudios se pueden llevar a cabo de forma independiente (por ejemplo, para buscar biomarcadores), pero también complementan a los estudios de expresión génica, ya que se calcula que más del 30% de la traducción de los genes codificantes a proteínas está regulada por los ARNs pequeños.

Consultad esta guía para obtener información detallada sobre las micromatrices de expresión.

• Arrays de genotipado (Axiom) para estudios a gran escala en humanos y diferentes especies animales. Son herramientas de alto rendimiento (formato placa) que permiten hacer un cribado de variantes génicas en cohortes grandes. Existen diferentes diseños de arrays para varias aplicaciones: Precision Medicine Diversity Array, Pharmacogenomics, Microbiome. También es posible hacer diseños a medida.
• Estudios de citogenética, con muestras frescas o FFPE (OncoScan/CytoScan).

Nuestro servicio actualmente está especializado en expresión génica y procesamiento de matrices de miARN. Estamos abiertos a comentar e implementar otros tipos de proyectos, especialmente los relacionados con el análisis genómico.

Poneos en contacto con nosotros si estáis interesados en llevar a cabo cualquier tipo de estudio (genomica@vhir.org).

Equipamiento:

• GeneChip System de Affymetrix para arrays en formato cartucho. Incluye dos hornos de hibridación (640 y 645), dos estaciones fluídicas 450 y un escáner 3000 7G combinado con un PC estación de trabajo que incorpora el programario Affymetrix® GeneChip® Command Console® (AGCC). 
• Instrumento GeneTitan de Affymetrix para placas de arrays (16x, 24x, 96x, 384x). Sistema robotizado que combina horno de hibridación, estaciones fluídicas y escáner en un mismo instrumento.