Skip to main content

Cytomics platform

The cytometry platform incorporates the latest technologies in the field of flow cytometry, applied to both the analysis and separation of cells. Cytometric techniques make it possible to quickly and easily analyze and sort a significant number of cells with high sensitivity and objectivity. It is also possible to obtain qualitative and quantitative measurements and to define complex cell subpopulations from the study of a set of parameters defined for each specific cell.

During the last few years, "full-spectrum" cytometry has been developed, which allows more individual fluorochromes to be resolved by collecting and processing the data as complete spectrums. Thus, it is possible to design immunophenotyping panels with more than 40 fluorescent parameters, as well as having other important advantages over conventional cytometry. Recently, separator equipment incorporating this technology has been developed, such as the Aurora CS which is available at UAT.

Services:

  • Cell analysis by flow cytometry.
  • Fluorescence-activated cell segregation (FACS).
  • Analysis of multiplexed genomic and proteomic biomarkers.

We also offer training in the self-use of the equipment, advice on cytometry techniques, protocol development, panel design, support in the interpretation of results and data analysis.

  • You can find the "welcome handbook" to the cytometry platform here.
  • You can find the cytometer configurations here.

Applications:

  • Flow cytometry:
    • Immunophenotyping from the surface and intracellular antigen labeling.
    • Nucleic acid analysis (ploidy, cell cycle).
    • Functional analysis (e.g. enzyme activity, cell integrity, membrane permeability, calcium fluxes).
    • Viability, proliferation, apoptosis assays.
    • Assessment of transfection efficiency (e.g., GFP, mCherry, etc.).
    • Tiny particle analysis.
  • Cell separation:
    • Isolation of well-defined cell populations from heterogeneous samples (up to 6 populations at a time
    • Isolation of rare populations (e.g., CTCs, CSCs).
    • Isolation of fluorescently labeled cells (e.g., transfected cells).
    • Single-cell isolation in 96-well plates.
  • Multiplexed genomic and proteomic biomarker analysis. Multiplex tests with Luminex® technology are designed for the simultaneous detection and quantification of several secreted proteins such as cytokines, chemokines or growth factors, or expressed genes. This high-throughput technology generates results comparable to those of conventional methods such as ELISA, with the use of a reduced sample volume (25 µl of plasma or 50 µl of cell culture supernatant) in a 96-well plate format.

If you have any questions, please contact us at citometria@vhir.org.

Equipment:

  • Flow cytometers:
    • FacsCalibur cell analyzer (Becton Dickinson): currently has only one blue laser, which allows detection of two fluorochromes in this spectral range (plus FSC and SSC). 
    • LSRFortessa cell analyzer (BD): 4 lasers (blue, red, violet and yellow-green) for parallel detection of up to 16 fluorochromes (plus FSC and SSC). Acquisition in tube and HTS format (96- and 384-well plates).
  • Cell separators:
    • FACSAria high-speed cell separator (BD): 4 lasers (blue, red, violet and yellow-green) for detection of up to 13 fluorochromes (plus FSC and SSC). Separation in 4 lanes (0.5 to 15ml collection tubes) and in 6- to 96-well plates, including single cell separation in 96-well plate.
    • Cell separator with Aurora CS spectral technology (Cytek): this is a "full-spectrum" technology equipment, which detects and processes the spectral fingerprint of each fluorochrome, providing multiple advantages over conventional cytrometry: increase in the number of fluorochromes that can be detected in the same panel, extraction of auto-fluorescence treating it as an independent parameter and distinction between fluorochromes with similar emission maximums.
      • This separator is equipped with five lasers (near-UV, violet, blue, yellow-green and red) plus an array of fluorescence detectors for each laser (capturing from 365 to 829 nm), plus FSC and two SSCs (one of them optimized for small particles), with a total of 67 detection channels. The instrument allows separation in up to 6 lanes or in 96-well plates, with the "index sorting" option. The instrument can also be used as an analyzer.
      • The equipment is incorporated into a class II, type 2A biosafety cabinet, which allows working with samples infected with pathogenic organisms within the previously mentioned biosafety level.
  • Multiplexed genomic and proteomic biomarker analysis
    • Luminex Magpix: this multiplex analysis kit performs up to 50 different tests in a single reaction volume, and allows a 96-well plate to be read in ≤ 60 minutes. Compatible with ProcartaPlex (immunoassays for secreted proteins), QuantiGene Plex (RNA transcripts) and other bead-based kits. Results can be exported and analyzed with the ProcartaPlex Analyst software.
  • Software packages for data analysis
    • We offer two off-line stations for data analysis with specific cytometry software:
      • FlowJo: 1 license installed locally on analysis station 1 (accessible on-site and remotely).
      • FCS-Express 7: 1 license, accessible in the cloud upon registration. Access must be requested from UAT staff.
      • SpectroFlo: software for initial acquisition and analysis of spectral cytometry data. 1 license installed locally on analysis station 4 (accessible on site and remotely).
      • OMIQ: software dedicated to the analysis of high dimensional data, especially spectral data. Accessible in the "cloud". It is necessary to request access to UAT staff.

Equipaments principals

ANALITZADOR CONVENCIONAL FORTESSA
Analitzador convencional LSRFortessa

Citòmetre de flux:

  • 4 làsers (405, 488,561 i 633 nm) 

  • 16 detectors de fluorescència 

  • Adquisició en tub i HTS per adquisició en placa 

ANALITZADOR ESPECTRAL AURORA
Analizador espectral Aurora (Cytek):

Citòmetre de flux: 

  • 5 làsers (355, 405, 488, 561 i 633 nm) 

  • 64 arrays detectors de fluorescència 

  • Detector SSC per a partícula petita (fins a 100 nm) 

  • Adquisició en tub 

SEPARADOR CEL·LULAR FACSARIA
Separador cel·lular FACSAria

Separador cel·lular:

  • 4 làsers (405, 488,561 i 633 nm) 

  • 13 detectors de fluorescència 

  • Separació fins a 4 vies  

  • Separació en placa de 96 pouets 

     

SEPARADOR CEL·LULAR AURORA CS
Separador cel·lular Aurora CS (Cytek)

Separador cel·lular:

  • 5 làsers (355, 405, 488, 561 i 633 nm) 

  • 64 arrays detectors de fluorescència 

  • Detector SSC per a partícula petita (fins a 100 nm) 

  • Separació fins a 6 vies  

  • Separació en placa de 96 pouets (index sorting) 

  • Inclòs dins una CBS classe II tipus 2A 

LUMINEX MAGPIX (ANÀLISI MULTIPLEX)
Luminex Magpix:

Equip d'anàlisi multiplex:

  • Eealitza fins a 50 tests diferents en un sol volum de reacció,
  • Llegeix una placa de 96 pouets en ≤ 60 minuts.  
  • Compatible amb diferents assajos basats en "beads" (per exemple, ProCartaPlex)

Tots els equipaments:

  • Citòmetres de flux:

    • Analitzador convencional LSRFortessa (BD): 4 làsers (blau, vermell, violeta i groc-verd) per a la detecció en paral·lel de fins a 16 fluorocroms (més FSC i SSC). Adquisició en tub i en format HTS (plaques de 96 i 384 pouets).

    • Analizador espectral Aurora (Cytek): 5 làsers (UV, violeta, blau, groc-verd i vermell) i 64 canals de detecció de fluorescència (365-829 nm); més FSC, SSC i SSC addicional específic per a partícules petites (fins a 100 nm). Adquisició en format tub.

  • Separadors cel·lulars:

    • Separador cel·lular d'alta velocitat FACSAria (BD): 4 làsers (blau, vermell, violeta i groc-verd) per a la detecció de fins a 13 fluorocroms (més FSC i SSC). Separació en 4 vies (tubs de recollida de 0,5 a 15 ml), i en plaques de 6 a 96 pouets, incloent separació de cèl·lula única en placa de 96 pouets

    • Separador cel·lular amb tecnologia espectral Aurora CS (Cytek): es tracta d'un equip amb tecnologia “full-Spectrum", que detecta i processa la petjada espectral de cada fluorocrom, fet que ofereix múltiples avantatges en relació amb la citometria convencional: increment del nombre de fluorocroms que es poden detectar en un mateix panell, extracció de l'auto-fluorescència tractant-la com un paràmetre independent i distinció entre fluorocroms amb màxims d'emissió molt semblants.

      • Aquest separador està equipat amb cinc làsers (UV, violeta, blau, groc-verd i vermell) més una matriu de detectors de fluorescència per a cada làser (captura des de 365 fins a 829 nm), a més de FSC i dos SSCs (un d'ells optimitzat per partícules petites), amb un total de 67 canals de detecció. L'equip permet la separació fins a 6 vies o en plaques de 96 pouets, amb l'opció "index sorting". Aquest equip també es pot utilitzar com analitzador. 

      • L'equip està incorporat dins una cabina de bioseguretat clase II, tipus 2A, que permet treballar amb mostres infectades amb organismes patògens dins del nivell de seguretat biològica esmentat prèviament.

  • Anàlisi de biomarcadors genòmics i proteòmics multiplexats

    • Luminex Magpix: aquest equip d'anàlisi multiplex realitza fins a 50 tests diferents en un sol volum de reacció, i permet llegir una placa de 96 pouets en ≤ 60 minuts.  Compatible amb ProcartaPlex (immunoassajos per a proteïnes secretades), QuantiGene Plex (transcrits d'ARN) i altres kits basats en boletes. Els resultats es poden exportar i analitzar amb el programari ProcartaPlex Analyst.

  • Oferim diferents opcions de software per analitzar dades, tant de citometria convencional com espectral: 

    • 3 llicències del programa FlowJo (estacions 1, 4 i 5) 

    • 2 llicències del programa SpectroFlo, específic per l'anàlisi inicial d'arxius de dades de citometria espectral, adquirits amb l'analitzador Aurora (estació 6) o el sorter Aurora CS (estació 4).  

    • A més, comptem amb programari d'anàlisi accesible al núvol: 

      • OMIQ: dedicat a l'anàlisi de dades d'alta dimensionalitat, especialment dades de citometria espectral. Cal demanar autorització prèvia al personal de la UAT. 

      • FCS Express 7: anàlisi de dades de citometria convencional i eines per anàlisi de dades d'alta dimensionalitat. Cal demanar autorització prèvia al personal de la UAT. 

Podeu trobar la configuració dels citòmetres aquí.