En 1996-1998, el Dr. Manuel Comabella realizó una estancia de investigación en Neuroinmunología en el Center for Neurologic Diseases del Brigham and Women´s Hospital, en Boston. En 2010 recibió el premio de las Ayudas Merck Serono en el área de investigación en esclerosis múltiple. En 2011 recibió el Premio Biogen Idec de la Sociedad Española de Neurología (SEN) al mejor trabajo publicado en enfermedades desmielinizantes. En 2013 recibió el Premio Novartis de la SEN al mejor trabajo publicado y a la mejor comunicación oral sobre enfermedades desmielinizantes. En 2014 recibió el Premio Enfermedades Neurológicas de la SEN en la modalidad científica. En 2016 recibió el premio de las Ayudas Merck Serono en el área de investigación en esclerosis múltiple. En 2018-2020, el Dr. Manuel Comabella fue colaborador del área de Biomedicina de la División de Coordinación, Evaluación y Seguimiento Científico técnico de la Agencia Estatal de Investigación, Ministerio de Ciencia, Innovación, y Universidades. Desde junio de 2008 forma parte del equipo del Servicio de Neurología / Neuroinmunología del HUVH de Barcelona – Centre d’Esclerosi Múltiple de Catalunya (Cemcat), donde actualmente es adjunto.

Es miembro del Editorial Board de las revistas Multiple Sclerosis Journal y Journal of Neuroimmunology, miembro del Board de la ESNI (European School of Neuroimmunology), y miembro del Grupo Estratégico del IMSGC (International Multiple Sclerosis Genetics Consortium). Es coautor de 297 artículos indexados en MedLine (Scopus: 12916 citaciones recibidas, con índice h de 54). Su foco fundamental de investigación es la identificación de biomarcadores relacionados con diferentes aspectos de la esclerosis múltiple y el desarrollo de nuevos tratamientos para la enfermedad.