El 29 de julio de 2003 se firmó un convenio de colaboración científica para regular la cooperación científica en investigación biomédica y en ciencias de la salud y de la vida, la formación del personal investigador y la publicación de publicaciones, entre los diferentes organismos.

Las entidades firmantes fueron: el Hospital Universitario Vall d'Hebron, el Vall d'Hebron Instituto de Investigación, el Banco de Sangre y Tejidos, la Universidad Autónoma de Barcelona, el Instituto de Diagnóstico por la Imagen y la Fundación Instituto Catalán de Farmacología

Cinco años más tarde, el 12 de junio de 2014, el IIS recibió la primera re-acreditación y, el 1 de mayo de 2015, se firmó un convenio de colaboración en investigación en relación con el Instituto de Investigación Sanitaria IIS IR-HUVH, para formalizar la integración del Vall d'Hebron Instituto de Oncología (VHIO).

El 21 de marzo de 2018, ISCiii y el Ministerio autorizaron la integración de VHIO el IIS IR-HUVH

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En octubre de 2018 se firmó el Acuerdo de Colaboración que implementa la creación de la Junta de Gobierno del Instituto de Investigación Sanitaria Acreditada por la IIS IR-HUVH.

En enero de 2019 se celebró la primera reunión del Consejo de Gobierno, y en abril de 2019 se celebró la primera reunión del Consejo Científico Interno.

El 5 de agosto de 2019, el IIS recibió una segunda re-acreditación.

El IIS IR-HUVH busca constantemente ampliar los límites del conocimiento científico en el campo de la medicina para contribuir a mejorar la atención y la calidad de vida de los pacientes mediante el desarrollo de proyectos de investigación en los campos y líneas de investigación prioritarias, que cumplan los más altos estándares internacionales de calidad en colaboración con las instituciones que forman el IIS IR-HUVH.

La IIS IR-HUVH aspira a convertirse en el campus de investigación médica de referencia del sur de Europa gracias al alta calidad de las actividades de investigación que se desarrollan, su orientación traslacional, el impacto de los resultados obtenidos, la implicación en las principales redes y consorcios nacionales e internacionales, así como altos estándares en la formación de los investigadores.