A mesura que avança envers una organització científica més moderna, àgil i flexible, la implantació de la nova estructura vol promoure que s’estableixin més col·laboracions i aliances estructurals amb institucions externes i més col·laboració multidisciplinària en àrees clau.

Hi ha set eCORE (espais col·laboratius de recerca), que es divideixen entre els que se centren en els reptes actuals en l’àmbit de la salut i els facilitadors tecnològics, que tenen com a finalitat facilitar l’assoliment dels objectius dels reptes esmentats.

Els eCORE orientats als reptes en salut són:

• Salut Global
• Malalties Cròniques i Prevalents, i Envelliment
• Salut de la Dona i Infantil, i Malalties Minoritàries. Hub de Recerca Pediàtrica
• Cervell, Ment i Comportament
• Càncer

Els eCORE transversals són:

• Medicina Personalitzada, Diagnòstic Innovador, Imatge Molecular i Salut Digital
• Teràpies i Intervencions Avançades, Nanomedicina, Transplant i Donació

Fins ara, 63 grups de recerca que ja existien al VHIR s’han adherit de forma primària o col·laborativa a tots els eCORE o a algun d'ells, així com també els nou grups de recerca de l'IDIAP Jordi Gol i Gurina que recentment s'han adscrit al VHIR. Els coordinadors dels diferents eCORE tenen representació al Consell Científic Intern.