Tres investigadors del grup de recerca de Malalties Hepàtiques del Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR) han estat els editors del primer llibre que recull les principals eines metodològiques per estudiar les quasiespècies virals. Les quasiespècies són estructures existents dins d'una població de virus que contenen una multitud de genomes amb petites diferències genètiques entre elles, i que estan sotmeses a un procés continu de mutació, competició i selecció. “La seva comprensió és clau per poder preveure l'evolució dels virus, com per exemple el desenvolupament d'una resistència antivírica”, comenta el Dr. Quer, qui és també investigador del CIBER de Malalties Hepàtiques i Digestives (CIBEREHD).

Els doctors Josep Gregori, Francisco Rodríguez-Frías i Josep Quer van idear l’obra com un treball de síntesi i de posada en valor dels desenvolupaments i els descobriments del laboratori de recerca d'Hepatitis Virals dintre el grup de recerca de Malalties Hepàtiques. Durant més de trenta anys el laboratori ha estat pioner en l'estudi de les quasispecies virals, fins i tot essent el primer grup mundialment que va estudiar aquesta característica de complexitat viral en un agent infecciós humà: el virus de l'hepatitis C. Des de fa més de deu anys ha estat aportant solucions metodològiques experimentals i computacionals en aquest camp per l'aplicació de les tècniques de Seqüenciació de Nova Generació (NGS). L'objectiu final del llibre és crear “una eina útil per les noves generacions d'investigadors que vulguin estudiar aquest camp situant els diferents mètodes en el seu context històric des del punt de vista científic i tecnològic” explica el Dr. Gregori.

Una evolució exponencial de la informació, de 20 seqüències a més de 100.000

Un dels aspectes que vol plasmar l'obra és l'evolució que ha experimentat el camp en termes de les dades a analitzar que tenen a l’abast els investigadors. Fins al 2010 la tècnica més utilitzada era la clonació amb la qual s’obtenien entre 10 i 50 seqüències. Un nombre totalment insuficient considerant que la quantitat de partícules virals en el cos d'un pacient amb una infecció aguda d'hepatitis pot ser superior al de la població mundial actual.

Aquest problema es va resoldre amb les eines de NGS, primer el 2010 amb l’instrument 454 GS FLX que permetia fixar un objectiu mínim de 10.000 seqüències per Amplicó, i el 2016 amb MiSeq que permet obtenir eficientment unes 100.000 seqüències per Amplicó. Aquesta gran quantitat de dades ha obligat els investigadors a dissenyar programes informàtics que permetin tractar, ordenar i entendre la informació assolida de manera que es puguin emprar d'una forma fiable i reproduïble. El Dr. Rodríguez-Frías considera que “perquè un tècnic usi les eines creades de forma adequada no s'ha de limitar a conèixer perquè serveixen sinó que ha d'entendre quines són les seves limitacions i història”.

Un estructura volgudament didàctica

El llibre es pot dividir en tres parts grans parts que facilitaran la seva funció didàctica. La primera composta pel Pròleg, Prefaci, Introducció, i Antecedents situa el lector en el context en què van desenvolupar les diferents tècniques tot explicant la seva necessitat i utilitat La part central del llibre està composta per sis treballs fonamentalment metodològics que s'han contextualitzat amb comentaris i notes que els connecten entre si. Els primers tres treballs aprofundeixen en l'ús, interpretació i utilitat dels índexs de biodiversitat, alguns d'específics per poblacions genètiques i d'altres importats del camp de l'ecologia. Els tres últims posen de manifest algunes limitacions en aquests índexs i aborden el desenvolupament d'eines integratives que proporcionen una interpretació més directa en termes biològics i clínics.

El llibre es tanca amb una secció que recull observacions i conclusions del conjunt dels treballs, i amb una altra que reflexiona sobre les limitacions que comporta l'estudi de sistemes complexos i dinàmics com les quasiespècies virals.