Un equip de recerca liderat per Aurora Pujol, investigadora principal d'àrea CIBER de Malalties Rares (CIBERER) i de l'Institut de Recerca Biomèdica de Bellvitge (IDIBELL), ha desenvolupat un innovador algoritme computacional anomenat ‘ClinPrior’. En un estudi amb participació del grup de Neurologia Pediàtrica del Vall d’Hebron Institut de Recerca (VHIR), aquest algoritme ha demostrat la seva capacitat per millorar la taxa de diagnòstic en pacients amb malalties minoritàries d’origen genètic. Els resultats han estat publicats a la revista Genome Medicine.

La detecció de les malalties minoritàries és un repte constant al camp de la medicina, i encara que la seqüenciació de l'exoma complet (WES) i la seqüenciació del genoma complet (WGS) són tècniques molt valuoses, continua sent necessari identificar mètodes més ràpids. La majoria de les eines actuals utilitzen informació fenotípica del pacient per prioritzar dades genòmiques, però sovint es veuen limitades pel coneixement incomplet dels fenotips de gens emmagatzemats a bases de dades biomèdiques i la manca d'avaluació en cohorts de pacients del món real.

L'algoritme ClinPrior aborda aquestes limitacions de manera innovadora. Utilitza les característiques fenotípiques estandarditzades del pacient, basades en l'Ontologia del Fenotip Humà, per classificar variants causals candidates. Posteriorment, a través d'un enfocament de priorització basat en una xarxa d'interaccions proteiques, propaga les dades per identificar les variants amb més possibilitats d'èxit.

En una sèrie prospectiva de 135 famílies afectades per Paraplegia Espàstica Hereditària (HSP) i/o Ataxia Cerebelosa (CA), dues malalties minoritàries d'origen neurodegeneratiu, “ClinPrior va aconseguir una taxa de diagnòstic positiu del 70%, cosa que representa el doble dels casos que es diagnostiquen amb les eines actuals utilitzades als centres de diagnòstic”, segons comenta la Dra. Pujol.

A més del seu impacte directe en el diagnòstic, ClinPrior ha permès als investigadors crear una xarxa d'interaccions específica per als trastorns d'HSP/CA, fet que possibilita diagnòstics futurs i el descobriment de nous gens associats amb aquestes patologies. El grup liderat per Aurora Pujol ha identificat en els darrers anys 10 nous gens causants de malalties ultrarares del sistema nerviós.

En paraules de la Dra. Pujol, "ClinPrior representa un avenç crucial en el diagnòstic genòmic clínic. El seu enfocament en la informació fenotípica estandarditzada i les dades d'interacció proteica no només millora la identificació de casos atípics, sinó que també prediu eficaçment nous gens causants de malalties la relació de les quals amb malaltia humana no existia prèviament. Aquesta eina ens permet reduir els tediosos processos diagnòstics, aquestes odissees diagnòstiques que pateixen les famílies a la recerca d'un nom per a la seva malaltia durant diversos anys, i alhora, augmentar el coneixement científic sobre el funcionament del cervell humà".

A la investigació han participat per part del CIBER, a més del grup de la Dra. Pujol, els grups de recerca d'Eduardo López-Laso de la Fundació per a la Recerca Biomèdica de Còrdova - FIBICO; Mireia Del Toro i Alfons Macaya, de l'Hospital Universitari Vall d'Hebron i el Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR); Luis G. Gutiérrez-Solana, del Servei Madrileny de Salut; Carme Fons, de l'Hospital Sant Joan de Déu de Barcelona i Lluís A. Pérez Jurado, de la Universitat Pompeu Fabra. A més, ha comptat amb la col·laboració del grup de recerca d'Adolfo López de Munain, director científic de CIBERNED i responsable de l'Àrea de Neurociències de l'IIS Biodonostia.