Vés al contingut
02/10/2019

Vall d’Hebron, segon classificat al CAGI Challenge Internacional de predicció del significat clínic de variants en gens de càncer de mama i ovari hereditaris

cagi_Challenge_884

02/10/2019

Es tracta d'un concurs en què la comunitat bioinformàtica de tot el món presenta les seves prediccions per diferents conjunts de variants patogèniques associades a diferents malalties genètiques.

El treball en equip liderat pel Prof. Xavier de la Cruz, cap del grup de Bioinformàtica Clínica i Translacional del Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR), i per Sara Gutiérrez-Enríquez, investigadora sènior del grup de Genètica del Càncer Hereditari del Vall d'Hebron Institut d'Oncologia (VHIO), ha estat classificat en segona posició en el prestigiós CAGI Challenge ("Critical Assessment of Genome Interpretation community"), un concurs en què la comunitat bioinformàtica de tot el món presenta les seves prediccions per diferents conjunts de variants patogèniques associades a diferents malalties genètiques.Aquests dos grups han desenvolupat una família d'eines bioinformàtiques per a la predicció del risc de patogenicitat de variants dels gens BRCA1 i BRCA2, associats als càncers de mama i d'ovari heretats. Una part clau d'aquestes eines, ha estat la creació d'una tècnica capaç d'estimar el dany molecular de les variants, desenvolupada per l'estudiant de doctorat Natàlia Padilla del grup de Bioinformàtica Clínica i Translacional. Aquesta tècnica va ser complementada amb un https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2018.00366/full" algoritme de predicció d'alteracions del processament de l'ARN, prèviament optimitzat per l'estudiant de doctorat Alejandro Moles-Fernández del grup de Genètica del Càncer Hereditari del VHIO. Les eines obtingudes, estrictament computacionals, atorguen una puntuació de risc a cada variant que, juntament amb altres anàlisis i les dades clíniques, ajuden al metge a establir un risc individualitzat per cada pacient.La metodologia desenvolupada es va presentar a l'última edició del CAGI Challenge de predicció de variants de càncer de mama i ovari hereditaris. En aquest concurs internacional, els participants van fer prediccions a cegues de variants proposades pel consorci ENIGMA, una xarxa internacional d'investigadors i grups de recerca centrats en determinar la importància clínica de les variants genètiques en BRCA1, BRCA2 i altres gens.Aquest concurs ha estat una excel.lent oportunitat i una bona referència per avaluar les eines bioinformàtiques. Un cop els participants han presentat les seves prediccions, un grup d'avaluadors independents han puntuat els diferents mètodes d'acord amb un ventall de mesures del grau d'encert en les prediccions.En la classificació dels grups, el consorci VHIR/VHIO ha quedat en segona posició. Un resultat realment destacat considerant que la metodologia VHIR/VHIO, comparada amb les estratègies basades en dades empíriques emprades pels altres participants, es basa en un coneixement científicament fonamentat del problema. Per tant, l'eina té molt potencial per continuar millorant.Amb challenges com aquests i el treball en la millora dels mètodes bioinformàtics, cada vegada som més a prop de poder determinar amb exactitud el risc de cada variant genètica associada als càncers de mama i ovari hereditaris.Els resultats obtinguts de la participació del VHIR/VHIO en aquest repte bioinformàtic de la comunitat de CAGI han sigut recentment publicats en dos articles d'un número especial de la revista Human Mutation: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/humu.23802" BRCA1- and BRCA2-specific in silico tools for variant interpretation in the CAGI 5 ENIGMA challenge i https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/humu.23861" Assessment of blind predictions of the clinical significance of BRCA1 and BRCA2 variants. A més a més, una imatge dissenyada per Selen özkan i Xavier de la Cruz, del grup de Bioinformàtica Clínica i Translacional, va ser seleccionada per a la portada d'aquest número especial.

Subscriu-te als nostres butlletins i forma part de la vida del Campus

El Vall d’Hebron Barcelona Hospital Campus és un parc sanitari de referència mundial on assistència, recerca, docència i innovació es donen la mà.