Vés al contingut

Plataforma de genòmica

Aquesta plataforma ofereix tecnologies essencials específiques per a l'anàlisi quantitativa i qualitativa dels àcids nucleics quant a la seva seqüència bàsica, qualitat i nivells d'expressió.

Serveis i aplicacions:

  • qPCR en temps real:
    • Estudis de perfil transcripcional mitjançant quantificació relativa i absoluta 
    • Anàlisi del nombre de còpies gèniques de l'ADN genòmic i viral.
    • Estudis de discriminació al·lèlica (detecció d'SNP).
    • Assajos d'identificació de patògens 
    • Assajos HRM (High Resolution Melting): escaneig gènic, genotipatge de SNPs. 

Altres serveis inclouen: suport al disseny experimental i selecció de sondes, formació per l'ús d'equips en autoservei, interpretació de resultats i anàlisi de les dades. També oferim serveis integrals, des de l'extracció de l'ARN de partida (en col·laboració amb el Biobanc HUVH), l'execució experimental i l'anàlisi de les dades (en col·laboració amb l'UEB).

  • Quantificació i control de qualitat dels àcids nucleics mitjançant xips microfluídics (Bioanalyzer®):
    • Control de qualitat i quantificació de l'ARN (algoritme RIN).
    • Separació automàtica, mida i quantificació de fragments de ds-ADN 
  • Quantificació fluoromètrica d'àcids nucleics (Picogreen ® per a ADN i Ribogreen ® per a ARN): un mètode extremadament específic i sensible, especialment útil quan:
    • Només hi ha unes quantes cèl·lules disponibles per a l'extracció de l'àcid nucleic.
    • Cal una quantificació molt acurada (p. ex., per a la construcció de biblioteques en NGS [seqüenciació de nova generació]).

Per obtenir més informació sobre les diferents tècniques de quantificació d'àcid nucleic, feu clic aquí.

  • Genotipatge de ratolins, inclosos:
    • Extracció d'ADN a partir de diferents tipus de mostres (cua, orella, etc.).
    • PCR: personalitzada per a cada projecte individual.
    • Anàlisi per electroforesi en gel.
  • Detecció de contaminació pel patogen Corynebacterium bovis a partir de mostres d'animals de laboratori i ambientals.
  • Seqüenciació d'ADN per electroforesi capil·lar. El servei està disponible per a diferents aplicacions (p. ex., reseqüenciació, anàlisi de microsatèl·lits, seqüenciació de fragments difícils) en diferents formats (tubs d'assaig, plaques). Es proporcionen encebadors universals sense càrrec. La UAT gestiona la seqüenciació, que està externalitzada a un col·laborador extern. Per obtenir més informació, feu clic aquí.
  • Servei d'autenticació de línies cel·lulars humanes: verificació de la identitat de línies cel·lulars humanes i detecció de contaminació creuada a partir de creació de perfils d'STR, d'acord amb les normes ANSI/ATCC. L'anàlisi STR es realitza amb el kit GenePrint 10 System® (Promega). Es pot afegir un marcador de ratolí per comprovar les contaminacions creuades. Servei gestionat per la UAT i externalitzat a un col·laborador extern.

 

Equipament:

  • PCR en temps real:
    • LightCycler480 (Roche): Blocs de plaques de 96 i 384 pouets.
  • Agilent 2100 Bioanalyzer:
    • Xips d'ADN: DNA1000.
    • Xips d'ARN: Nanochip, Picochip.
    • Els usuaris poden portar els seus xips per processar-los a la UAT (p. ex., xips d'ADN d'alta sensibilitat o d'ARN petits)

Contacte

Per a més informació sobre qualsevol dels serveis, contacteu amb genomica@vhir.org