Entre 1996-1999, el Dr. Manuel Comabella va realitzar una estada de recerca en Neuroimmunologia al Center for Neurologic Diseases del Brigham and Women Hospital, a Boston. Al 2010 va rebre el Premi dels Ajuts de Merck Serono d’Investigació en l’àrea d’Investigació Clínica en esclerosi múltiple. Al 2011 va rebre el Premi Biogen Idec de la Sociedad Española de Neurología (SEN) al millor treball publicat sobre malalties desmielinitzants. Al 2013 va rebre el Premi Novartis de la SEN a la millor comunicació oral i al millor treball publicat sobre malalties desmielinitzants. Al 2014 va rebre el Premi de la SEN de Enfermedades Neurológicas, modalitat científica. Al 2016 va rebre el Premi dels Ajuts de Merck Serono d’Investigació en l’àrea d’Investigació Clínica en esclerosi múltiple. Entre 2018-2020, el Dr. Manuel Comabella va ser col·laborador de l'àrea de biomedicina de la Divisió de Coordinació, Avaluació i Seguiment Científic tècnic de l'Agència Estatal d'Investigació, Ministerio de Ciencia, Innovación, y Universidades.

És membre de l’Editorial Board de les revistes Multiple Sclerosis Journal i Journal of Neuroimmunology, membre del Board de la ESNI (European School of Neuroimmunology), i membre del Grup Estratègic del IMSGC (International Multiple Sclerosis Genetics Consortium). És coautor de 297 articles indexats en MedLine (Scopus: 12916 citacions rebudes, amb índex h de 54). El seu focus fonamental de recerca és la identificació de biomarcadors moleculars relacionats amb diferents aspectes de l’esclerosi múltiple, i el desenvolupament de nous tractaments que puguin tenir aplicació en la pràctica clínica del pacient.