Fco. Xavier De la Cruz Montserrat La nostra recerca principal té com a objectiu entendre les bases moleculars de la malaltia hereditària, integrant dos aspectes complementaris: l'impacte molecular de les variants causatives i l'efecte del perfil genètic sobre la propagació d'aquest impacte. En l'àmbit tècnic, per assolir el nostre objectiu, integrem els resultats dels experiments genòmics més avançats (unicel·lular, Hi-C, etc.) utilitzant eines d'aprenentatge automàtic de darrera generació. Per millorar l'abast biomèdic de la nostra recerca, treballem en col·laboració amb grups clínics de diferents hospitals. Com a resultat d'aquests esforços, recentment hem fet avenços significatius en la comprensió de l'efecte funcional de les variants de proteïnes BRCA1/2 subjacents als càncers hereditaris de mama i d'ovari. Finalment, esmentar que també dediquem una part important dels nostres esforços a l'estudi fonamental dels processos epigenètics, per arribar a una visió completa de quins fenòmens contribueixen a la generació del fenotip i, més precisament, del fenotip clínic. Institucions de les que formen part Cap de grup Bioinformàtica clínica i translacional Vall Hebron Institut de Recerca Email Fco. Xavier De la Cruz Montserrat Email Institucions de les que formen part Cap de grup Bioinformàtica clínica i translacional Vall Hebron Institut de Recerca La nostra recerca principal té com a objectiu entendre les bases moleculars de la malaltia hereditària, integrant dos aspectes complementaris: l'impacte molecular de les variants causatives i l'efecte del perfil genètic sobre la propagació d'aquest impacte. En l'àmbit tècnic, per assolir el nostre objectiu, integrem els resultats dels experiments genòmics més avançats (unicel·lular, Hi-C, etc.) utilitzant eines d'aprenentatge automàtic de darrera generació. Per millorar l'abast biomèdic de la nostra recerca, treballem en col·laboració amb grups clínics de diferents hospitals. Com a resultat d'aquests esforços, recentment hem fet avenços significatius en la comprensió de l'efecte funcional de les variants de proteïnes BRCA1/2 subjacents als càncers hereditaris de mama i d'ovari. Finalment, esmentar que també dediquem una part important dels nostres esforços a l'estudi fonamental dels processos epigenètics, per arribar a una visió completa de quins fenòmens contribueixen a la generació del fenotip i, més precisament, del fenotip clínic.
INTERESSOS La nostra recerca s'enfoca en l'estudi de l'impacte de les mutacions patogèniques i la transformació dels resultats en models d'intel·ligència artificial (IA) útils clínicament. DESTACAT Vam assolir el segon lloc en la classificació dels grups al repte internacional de mètodes in silico, CAGI 5 (secció de càncers de mama/ovari heretats). Vam guanyar el premi al millor pòster de l'editor de 'Science' a HGM 2018 (Japó). L'any 2015 vam participar en la identificació de la signatura del glioblastoma en líquid cefalorraquidi (De Mattos-Arruda et al., Nature Communications, 6:8839), projecte que va guanyar el Premi "La Vanguardia de la Ciència". INICIS (1990-2000) .- Ph.D. Tesi (1990-1993), UPC, Barcelona). Vaig treballar en una relació entre àrees atòmiques i les energies lliures (de la Cruz et al., J.Mol.Graphics, 10:96, 1992). Durant una estada al laboratori de van Gunsteren (ETH-Z, Zuric), em vaig desplaçar cap a l'estudi de la relació estructura/funció (de la Cruz et al., J. Mol. Biol., 236:1186, 1994). Beques: FPI Generalitat (1990-93, UPC); EMBO a curt termini (1992, ETH-Z). .- Estades postdoctorals (1993-2000) Dues estades postdoctorals: NIH, EUA (4 anys) i UCL-EBI, Regne Unit (3 anys). En aquestes estades, vaig augmentar els meus coneixements sobre la relació estructura/funció (comparacions d'estructura 3D: de la Cruz i Lee, Protein Sci., 5:857, 1996; predicció de girs beta: de la Cruz et al., PNAS, 99: 11157, 2002). Beques: Fogarty Fellowship (1993-97, EUA); beca MEC per a metges (1997); Humans Frontier Science Program (HFSP) (1997-99, Regne Unit). ACTUALITAT (2000-**) Professor de recerca ICREA La nostra investigació té com a objectiu entendre/predir l'impacte de les variants patogèniques mitjançant la IA. El nostre enfocament inicial (Ferrer-Costa et al., J. Mol. Biol. 2002; Proteins, 2004; Bioinformatics, 2005) s'ha seguit àmpliament (>920 citacions). Després d'unir-nos a VHIR (2012) hem dissenyat un nou enfocament per a la predicció de la patogenicitat (Riera et al., Hum. Mut., 2016). Això va cristal·litzar en el model de variants BRCA1/2 (Padilla et al., Hum. Mut., 2019) que vam presentar al concurs internacional CAGI (vegeu més amunt). Hem desenvolupat aquest resultat per estendre'l al genoma clínic (Özkan et al., IJMS, 2020). La nostra experiència es reflecteix en les nostres col·laboracions (vegeu a continuació la nostra col·laboració amb E. Bhoj a l'Hospital Infantil de Filadèlfia). També hem treballat en la regulació epigenètica de l'expressió gènica, on m'agradaria destacar dues de les nostres publicacions (coautor corresponent en ambdues), una a PNAS (Pappa et al., 2019) sobre la prevenció de danys a l'ADN i el segon en Desenvolupament (Estarás et al., 2012) sobre la regulació del desenvolupament neuronal per JMJD3. Contractes: Reincorporació MEC (2000-2001), Professor d'Investigació ICREA (2001-avui). -Coneixements. Tenim una comprensió profunda de les bases moleculars de les malalties hereditàries. Tècnicament, som experts en el desenvolupament d'eines d'IA per a la predicció de la patogenicitat. Nosaltres també són competents en la caracterització estructural/funcional de mutacions de proteïnes utilitzant enfocaments computacionals/bioinformàtics. - Col·laboracions internacionals. Tenim una col·laboració contínua amb E. Bhoj (Childrens Hospital de Filadèlfia) per a la caracterització clínica de variants d'histona H3.3. Aquest treball ha donat lloc a una publicació d'alt impacte (Bryant et al., Science Advances, 2020) en la qual el nostre grup va liderar les anàlisis in silico de tot el consorci (137 autors) en un estudi que va resultar en el descobriment d'un nou trastorn neurodegeneratiu. -Tesis dirigides. He dirigit 11 doctorats. tesis. La majoria dels alumnes treballen en bioinformàtica/computació.
Projectes Una aproximación traslacional a la interpretación de variantes de secuencia en proteínas: integrando impacto molecular, regulación por el entorno genético y coste clínico IP: Fco. Xavier De la Cruz Montserrat Col·laboradors: Natalia Padilla Sirera, Selen Ozkan Entitat finançadora: Ministerio de Ciencia e Innovación-MICINN Finançament: 133100 Referència: PID2019-111217RB-I00 Durada: 01/06/2020 - 31/05/2023 Nuevas aproximaciones para identificar variantes patogénicas en experimentos de secuenciación masiva basadas en la integración de impacto molecular e información biomédica IP: Fco. Xavier De la Cruz Montserrat Col·laboradors: - Entitat finançadora: Ministerio Economía, Industria y Competitividad Finançament: 96800 Referència: SAF2016-80255-R Durada: 30/12/2016 - 29/12/2019 PIREPRED: Sol·licitud de projecte coordinat per part del departament de Bioinformàtica Translacional juntament amb 5 altres centres. IP: Fco. Xavier De la Cruz Montserrat Col·laboradors: - Entitat finançadora: EUROPEAN COMMISSION Finançament: 100888.78 Referència: PIREPRED_INTERREG POCTEFA2015 Durada: 01/09/2016 - 30/06/2021 Desarrollo de herramientas bioinformáticas para la predicción y compresión de dos rasgos fundamentales de las patologías hereditarias: severidad y fenotipo tisular IP: Fco. Xavier De la Cruz Montserrat Col·laboradors: Miriam Izquierdo Sans Entitat finançadora: Fundació Institut de Recerca HUVH Finançament: 45135 Referència: PRED-VHIR-2013-06 Durada: 26/09/2014 - 25/09/2017 Paginació Primera pàgina « Pàgina anterior ‹ Page 1 Pàgina actual 2 Page 3 Pàgina següent › Última pàgina »
